1991年香港黑帮龙头倪坤被杀倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外均伺机背叛发难不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作而韩琛为了巩固势力早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）三年后事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧决意将五大头目一举歼灭却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼　　1997年大难不死的韩琛重出江湖为替死去的同事报仇黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜不久却发现此举铸成大错而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明则在无间道的路上越行越远